Bentuk Kegiatan Ekstrakurikuler di SMAN 3 Bantul berupa:
1. Bidang Krida, yaitu:
Palang Merah Remaja (PMR) dan Pramuka
Bidang ini merupakan representasi dari profil pelajar Pancasila dimensi bergotong royong.
2. Bidang Karya Ilmiah, yaitu:
Karya Ilmiah dan Inovasi Peserta didik dan Kompetisi Sains Nasional (KSN: Fisika, Matemetika, Biologi, Geografi, Kimia, Kebumian, Ekonomi, Informatika, Astronomi.
Bidang ini merupakan representasi dari profil pelajar Pancasila dimensi bernalar kritis dan mandiri.
3. Bidang Latihan Olah-Bakat/Olah-Minat, yaitu :
Tonti, Bola Basket, Bola Voli, Sepakbola/Futsal , Pencak Silat, Desain Grafis, Drama, Fotografi, Jurnalistik, Karate, Poster, Film Pendek, Monolog, komic digitasl, Seni Rupa, Seni Suara/ vocal , Seni Musik , Seni Tari, Seni Baca Alqur’an, Debat Bahasa Inggris, Debat Bahasa Indonesia.
Bidang ini merupakan representasi dari profil pelajar Pancasila dimensi kreatif, bergotong royong, dan berkebinekaan global.
4. Bidang Budaya Yogyakarta :
Karawitan, Tari dan Kriya
Bidang ini merupakan representasi dari profil pelajar Pancasila dimensi beriman, bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, berkebinekaan global, kreatif, dan mandiri.